1、農業生產
 

　　芽孢桿菌產生的抗菌物質能防治多種植物病害，已有一些芽孢桿菌生防菌株得到商品化或得到有限商品化生產應用許可。蘇云金芽孢桿菌形成過程中可以產生一種伴孢晶體，它已成為世界上產量最大的微生物殺蟲劑。側孢短芽孢桿菌的一些菌株也能產生晶體蛋白及酶類物質，對于無脊椎生物具有毒性作用。芽孢桿菌具有解磷、解鉀、固氮等生物活性，有利于提高作物產量，而且芽孢桿菌抗逆性好，巨大芽孢桿菌、膠質芽孢桿菌、固氮芽孢桿菌、球形芽孢桿菌、側孢短芽孢桿菌等被廣泛用于生產生物肥料。
 

　　芽孢桿菌產生的抗菌物質對畜禽具有促生長、保健和治療疾病的作用，屬無毒副作用、無殘留、無致細菌耐藥性的一類環保型制劑。芽孢桿菌產生的抗菌肽的殺菌機制非常，病原菌不易對抗菌肽產生耐藥性，因而抗菌肽作為一種新型飼料添加劑，是目前飼料業的一個新的研發方向。
 

　　2、食品加工和保鮮
 

　　芽孢桿菌產生的抗菌物質具有廣譜殺菌活性，對與食品有關的多種革蘭氏陰性菌和陽性菌均有較強的殺菌作用，并且一般具有良好的熱穩定性，可用于防止熱加工食品過程中其他細菌的污染，也可用于防止巴氏殺菌后的再污染，還可用于食品發酵過程中的雜菌污染。
 

　　另外，部分種類芽孢桿菌產生的L-賴氨酸可用于食品添加劑。芽孢桿菌還可用于發酵食品，我國利用凝結芽孢桿菌低鹽腌漬雪里蕻。
 

　　3、工業生產
 

　　利用芽孢桿菌發酵獲得工業生產上需要的高活性、高純度的淀粉酶、蛋白酶的方法在20世紀30年代就開始應用。
 

　　4、醫學
 

　　芽孢桿菌產生的抗菌物質一般具有廣泛的抑菌譜，能殺傷包括耐藥菌株在內的細菌、某些真菌、寄生蟲、部分病毒以及腫瘤細胞等，并且有結合脂多糖、中和內毒素等作用，因此引起了科學家和醫務工作者的廣泛關注。芽孢桿菌制備的微生態制劑在治療腸道菌群失調癥、治療念珠菌感染、預防瘡面感染等醫療過程中發揮了重要的作用。
 

　　5、環保
 

　　地衣芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌的代謝產物聚-γ-谷氨酸可用于降解塑料，還可作為沙漠保水劑。側孢短芽孢桿菌可以將4-羥基苯甲酸丙酯轉變為龍膽酸。
 

　　此于處理工業廢水和降解環境中的有毒物質，如多環芳烴、石油、有機磷農藥、有機氯農藥。多黏類芽孢桿菌產生的胞外多糖和胞外蛋白，可用作絮凝劑處理污水。
 

　　6、科學研究
 

　　芽孢桿菌屬中有許多天然菌株可提供不同的高生物活性基因。枯草芽孢桿菌、短小芽孢杄菌、地衣芽孢杄菌也可作為基因工程受體菌。
 

　　僅枯草芽孢桿菌就表達出了近200種原核和真核生物來源的蛋白基因。枯草芽孢桿菌無論是在生產上還是在對基因組及物理圖譜的研究中都起著重要作用。